Im September 1944 beschloss man, Dreikönigenschrein und "Dombild" aus dem nicht mehr sicheren Pommersfelden in das vermeintlich sichere Fulda zu bringen. Der Transport war bereits unterwegs, als Fulda durch einen Luftangriff schwer getroffen wurde und als Aufbewahrungsort nicht mehr in Frage kam, weshalb der Transport nach Siegen umgeleitet wurde, wo die Schätze in einem Hochbunker untergebracht werden sollten. Doch sie passten nicht durch die Bunkertür, sodass es nur einen Ausweg gab: sie mussten nach Köln zurückgebracht werden. Schrein und Dombild kamen am 19.9.1944 in Köln an. Der Lochneraltar wurde im Rundbunker im Nordturm des Domes untergebracht, der Schrein im Bunker unter der Sakristei. Doch der Altar war in Köln nicht sicher; um ihn vor dem zunehmenden Luftkrieg, den heranrückenden Allierten, den voraussichtlichen Kämpfen um die Stadt und nicht zuletzt vor dem Zugriff der Nationalsozialisten zu schützen, wurde er am 20.12.1944 in die ehemalige Abteikirche Marienmünster an der Weser verbracht. Von dort kehrte er am 5.9.1945 zurück, wo er zunächst wieder im Rundbunker untergebracht wurde. Während des Domfestes am 15.8.1948 hielten Dreikönigenschrein und der Altar der Stadtpatrone feierlich Wiedereinzug in den Dom.

Der erste Tausend-Bomber-Angriff auf eine deutsche Stadt war gleichzeitig der schwerste Bombenangriff auf Köln während des Zweiten Weltkriegs: mehr als 500 Tote und mehr als 5.000 Verletzte, Zerstörung zahlreicher historischer Gebäude, darunter die romanischen Kirchen, circa 12.800 beschädigte Häuser, 13.000 total und circa 6.400 schwer zerstörte Wohnungen, circa 23.000 mit leichten Schäden.

Erster schwerer Angriff auf die Stadt.