Die dreischiffige romanische Emporenbasilika  ist ein Bau des zweiten Viertels des 12. Jahrhunderts. Die Kirche der Heiligen Jungfrauen - so der Name bis ins 17. Jahrhundert - wurde auf einem römischen Gräberfeld vor den Toren der Römerstadt an der nördlichen Ausfallstraße nach Neuss errichtet. Die beim Bau der Stadtbefestigung 1106 gefundenen Gräber gaben der Legende vom Martyrium der heiligen Ursula und ihrer elf beziehungsweise 11.000 Jungfrauen neuen Auftrieb und beförderten den Neubau der Kirche an dieser Stelle. Der früheste, archäologisch nachgewiesene Vorgängerbau stammt aus der spätrömischen Zeit, vermutlich schon aus dem 4. Jahrhundert.

Darin werden neben dem Dom erstmals weitere Stifte in Köln, Bonn und Xanten deutlich greifbar. Durch die Aussonderung des Bischofsgutes aus der Vermögensmasse der Kölner Kirche kam es zur Verselbstständigung dieser Stifte.

Auf dem nördlich des römischen Köln gelegenen Gräberfeldes gründete oder erneuerte Bischof Kunibert eine dem heiligen Clemens geweihte Kirche, die vermutlich seine Grabkirche wurde. Spätestens für das 9. Jahrhundert ist der Beginn der Heiligenverehrung für Kunibert gesichert. 1168 Erhebung der Gebeine Kuniberts und Kanonisation. Mitte 11. Jahrhundert Neubau einer Kirche mit dreischiffigem Langhaus und Westbau, um 1215-1247 Neubau der Kirche von Osten nach Westen. Aufhebung des Stifts im Zuge der Säkularisation 1802 .