Während infolge der Reformation vor allem Geistliche und Gelehrte um die theologische und juristische Wahrheit kämpften und aus dem Versuch der Erneuerung der einen Kirche allmählich verschiedene Konfessionen wurden, interessierte sich der Adel kaum für die inhaltlichen Fragen des Glaubens, sofern man sein Handeln als Ermessensgrundlage für diese Einschätzung heranziehen darf. Vielfach ist der persönliche Glaube nur schwer oder gar nicht aus den Quellen einzuschätzen; deutlich erkennbar jedoch ist, dass sich die adligen Familien durchweg ganz überwiegend von dynastischen Interessen leiten ließen. Katholische Geistliche, die eine Lebenspartnerin und anerkannte Nachkommen hatten, die sich mal für den Erhalt des alten Glaubens einsetzten und mal die Einführung einer protestantischen Ordnung beförderten – es sind nur scheinbare Widersprüche, wie Lebensläufe wie der Georgs von Braunschweig-Wolfenbüttel zeigt.

Zwischen den sich ab spätestens 1530 verfestigenden konfessionellen Fronten alt- und neugläubiger Fürsten und Gelehrter etablierte sich insbesondere am Hof der Herzöge von Jülich-Kleve-Berg eine als via media, mittlerer Weg, bezeichnete Haltung, die bestimmte Positionen der neuen Lehre wie etwa den Laienkelch akzeptierte, ohne formal den Bund mit der römischen Kirche zu brechen. Ausgehend von der humanistischen Lehre, die nördlich der Alpen vor allen an niederländischen Universitäten und Schulen zahlreiche Sympathisanten fand, kennzeichnet die via media auch den Versuch des Erhalts einer größtmöglichen politischen Unabhängigkeit in einer ansonsten sich in konfessionell geprägte Lager aufteilenden Herrschaftsordnung. Johann von Vlatten war nicht nur ein führender Vertreter dieser via media; er verkörperte zudem auch einen für die sich im 16. Jahrhundert herausbildende Staatlichkeit moderner Prägung konstitutiven Beamtentypus, der sich in Stand und Bildung von seinen Vorgängergenerationen unterschied.

Nach der Veröffentlichung der Thesen von Martin Luther (1483-1546) und der sich in der Folge rasant ausbreitenden Reformation tat sich der nunmehr zur katholischen Kirche gewordene alte Glaube lange Zeit schwer, inhaltliche Antworten auf die Forderungen und Feststellungen des neuen Glaubens zu geben. Erst das Trienter Konzil von 1545 bis 1563 leitete eine Gegenbewegung ein, die nicht ganz zu Unrecht auch Gegenreformation genannt wird und eine Phase der Konfessionalisierung einleitete, während der sowohl die katholische wie auch die protestantische Seite die Durchdringung möglichst vieler Lebensbereiche der Gläubigen anstrebten.

Der Kaplan an der Laurentiuskirche in Elberfeld (heute Stadt Wuppertal) gab wichtige Impulse zur Einführung der Reformation in Elberfeld.

Die Kölner Geistlichkeit des 16. Jahrhunderts weist eine Reihe starker Persönlichkeiten auf, die prägend für konfessionelle Entwicklung in der Region waren. Unter ihnen ragt die Familie Gropper alleine schon deshalb hervor, weil nicht weniger als sieben eng miteinander verwandte Mitglieder an Schlüsselpositionen in Verwaltung und Kirche gelangten und so beinahe das gesamte Jahrhundert hindurch wesentlichen Einfluss auf die Religionspolitik der Stadt und des Kurfürstentums Köln nehmen konnten.

Der Jurist Gerhard Westerburg, der aus einer reichen Kölner Kaufmannsfamilie stammte, wandte sich 1521 der Lehre Martin Luthers zu und versuchte ab 1524 der Reformation in seiner Heimatstadt den Boden zu bereiten. Die Beteiligung am Aufstand der Zünfte 1525 in Frankfurt am Main büßte er nach dessen Niederschlagung mit der Ausweisung aus der Stadt. Er wandte sich dem Täufertum zu und wurde 1534 der Gründer einer Täufergemeinde in Köln.

Gebhard Truchseß von Waldburg gehört zu den tragischen Gestalten auf dem Kölner Erzbischofsstuhl. Aus Liebe zu dem Gerresheimer Stiftsfräulein Agnes von Mansfeld (1551-1637) versuchte er vergeblich, in seinem Land die freie Wahl des Bekenntnisses einzuführen. Sein Reformationsversuch führte zum verheerenden Kölner Krieg, dem ersten Religionskrieg auf deutschem Boden nach der Reformation.

Ungeachtet der seit 1555 im Augsburger Religionsfrieden reichsrechtlich zementierten konfessionellen Teilung in ein altgläubig-katholisches und ein protestantisches Lager – Reformierte wie Calvinisten und Zwinglianer blieben vom Friedensvertrag ausgenommen – gingen die Bemühungen um die Einheit der Kirche in der zweiten Hälfte des 16. Jahrhunderts durchaus noch weiter.

Martin Bucer war der „große Theologe des Dialogs" (Martin Greschat). Prägend war für ihn unter anderem 1518 die Heidelberger Disputation Lateinisch, gelehrtes Streitgespräch. Martin Luthers (1483-1546). In den Jahren 1542/1543 beteiligte er sich auf Geheiß des Kölner Erzbischofs Hermann von Wied mit Predigten und Vorlesungen in Bonn an dem Versuch, die Reformation in Kurköln einzuführen. Zusammen mit Philipp Melanchthon (1497-1560) entwarf er in Bonn zu diesem Zweck eine Reformationsordnung.

Kindheit und frühe Jugend des späteren Trierer Weihbischofs Peter Binsfeld liegen im Dunkeln. Erste Nachrichten über seinen Werdegang stammen von Robert Bootz (1685-1730), Abt von Himmerod, aus seinen „Series abbatum claustri B.M.V. de Himmerode“. Hier wird berichtet, wie sein Vorgänger Johann von Briedel (1558-1571) den „aus „niedrigen Verhältnissen“ stammenden Knaben Peter, gebürtig aus einem nahen Dorf, in seine Dienste nahm. Laut dem rückschauenden Bericht sollen dem Abt die Begabungen des Jungen aufgefallen sein, er habe ihm dann seine erste Schulbildung ermöglicht.