Der Kurfürst flüchtete zunächst nach Dorsten im kurkölnischen Vest Recklinghausen und schließlich über mehrere Stationen Ende April 1800 nach Wien, wo er am 27.7.1801 starb. Die kurkölnische Regierung mit einem Teil des Domkapitels nahm im Oktober 1794 ihren Sitz im kurkölnischen Arnsberg. Dorthin wurden auch bedeutende Teile der Dombibliothek und des Kirchenschatzes, darunter die Reliquien der Heiligen Drei Könige, geflüchtet. 1804 kehrten diese nach Köln zurück.

Der Nachfolger Kurfürst Karl Philipps residierte zwar auch nicht in Düsseldorf, setzte aber für die Verwaltung der Herzogtümer Jülich-Berg einen fähigen Statthalter ein. Manche der noch bestehenden Einrichtungen in Düsseldorf (unter anderem Landesbibliothek, Kunstakademie, Vorläufer der Universität) gehen auf die Zeit Karl Theodors zurück.